La subdirección cubre los temas agropecuarios, encargándose de los distintos procesos de la cadena que inician en la finca y terminan en los mercados, ya sean nacionales o internacionales. En este sentido, a la subdirección le competen los siguientes temas: semillas; ciencia, tecnología e innovación; asistencia técnica; insumos; biotecnología; reforestación comercial; financiamiento; gestión de riesgo; Sistema de Medidas Sanitarias y Fitosanitarias, inocuidad de alimentos; comercialización; análisis sectoriales; negociación y aprovechamiento de acuerdos comerciales, entre otros.
En particular la sudirección tiene las siguientes funciones escenciales:
Liderar estudios técnicos en los temas de competencia.
Preparar insumos para la formulación del Plan Nacional de Desarrollo y los documentos CONPES de su relevancia.
Diseñar políticas e instrumentos para el desarrollo agropecuario, proponiendo modificaciones y ajuste necesarios.
Elaborar conceptos técnicos relacionados con proyectos de ley, normas, planes, programas y proyectos que se requieren en el marco del desarrollo agropecuario.
Apoyar las negociaciones internacionales que se relacionan con los temas de desarrollo agropecuario.
Preparar los documentos e insumos para ejercer la Secretaría Técnica de la Comisión Intersectorial de Medidas Sanitarias y Fitosanitarias.
Realizar control posterior a la viabilidad de los proyectos de inversión y emitir conceptos técnicos sobre modificaciones y ajustes cuando se requiera.
Atender las peticiones y consultas relacionadas con los asuntos de su competencia.