La Subdirección de Ordenamiento y Desarrollo Territorial tiene como misión el análisis de los temas relacionados con el ordenamiento y el desarrollo de los territorios a nivel regional. Orienta y facilita la coordinación e integración de las acciones públicas nacionales con las de los departamentos y municipios, alrededor de objetivos y metas de desarrollo territorial compartidos -con visión de largo plazo- que propicien la creación de capacidades de autodesarrollo local y regional.
Estos procesos se convierten en el insumo principal para el diseño de políticas, planes, programas y proyectos cuya implementación a escala territorial se convierte en un mecanismo de importancia crucial para potenciar el desarrollo de las regiones, reducir las desigualdades y elevar el bienestar de la población.
La SODT adelanta esta tarea a través de la implementación de acciones en 5 temas principales: Desarrollo Regional, Ordenamiento Territorial, grupos étnicos, desarrollo e integración fronteriza, y desarrollo del territorio marino-costero.