La cooperación entre las instituciones públicas y el sector privado para la construcción de las propuestas de Agenda Interna sirvió como punto de partida para consolidar una institucionalidad mixta que le diera continuidad al proceso.
En efecto, se requería de una instancia que pudiera articular las iniciativas para fomentar la competitividad que varias entidades estaban adelantando de manera dispersa. Para esto, dicha instancia debía estar en capacidad de desarrollar sus actividades con base en planes de acción y gestión conjunta entre los gobiernos nacionales, departamentales y municipales, estableciendo las funciones y las responsabilidades frente a los sectores económicos priorizados.
Los fundamentos de esta nueva institucionalidad fueron definidos por el documento Conpes No. 3439, con el cual se creó el Sistema Nacional de Competitividad (SNC). El SNC tiene como fin coordinar las actividades estatales y de los particulares relacionadas con la competitividad del aparato productivo nacional.
Está conformado por el conjunto de orientaciones, normas, actividades, recursos, programas e instituciones públicas y privadas involucradas en la política de productividad y competitividad. El Sistema depende directamente de la Presidencia de la República, quien se apoya en la Comisión Nacional de Competitividad.
El Gobierno Nacional está promoviendo también la creación de Comisiones Regionales de Competitividad con participación pública y privada.